La ciudad de Zipaquirá está situada en el Valle del Abra, sobre la cordillera Oriental, en el altiplano cundiboyacense, la ciudad está situada en promedio a 2652 msnm, lo que la convierte en la tercer ciudad con mayor altitud en colombia, con más de 100.000 habitantes de a cuerdo a la Lista de las grandes ciudades más altas del mundo, Zipaquirá posee una extensión aproximada de 197 kilómetros cuadrados así: 8 kilómetros cuadrados de la zona urbana y 189 kilómetros cuadrados de la zona rural. El territorio donde se asienta la ciudad fue en el pasado un gran campo lleno de vegetación, algunos sectores de la ciudad, también están construidos sobre unos viejos fosos de agua-sal, en los que la sal vigua era procesada para su consumo.

Zipaquirá Limita con los municipios de Tausa y Cogua al Norte; Nemocón, Gachancipá y Sopó al Oriente; Cajicá y Tabio alSur; Subachoque y Pacho al Occidente. Su cabecera municipal está a 50 kilómetros.

Su río más extenso es el río Bogotá, que desde hace varias décadas presenta altos niveles de contaminación. La zona en donde está ubicada la ciudad, corresponde a la placa tectónica sudamericana por lo que presenta una importante actividad sísmica.